São Francisco do Sul sempre foi habitada pelos “Sambaquianos”, comunidades moradoras do litoral nos sambaquis (montanhas erguidas em baías). Depois, somaram-se à vinda dos tupi-gruaranis. Há relatos que em 05 de janeiro de 1504, chegou à ilha o francês Binot Paulmier de Gonneville, primeiro navegador europeu, viajando numa expedição à bordo do veleiro L’Espoir.
A cidade, propriamente dita, foi fundada em 15 de abril de 1847, pela Lei 249, desenvolvendo-se às margens da Baía da Babitonga, que possui um esplêndido arquipélago formado por 14 belas ilhas.
É a primeira povoação criada em Santa Catarina e a terceira do Brasil.
Este ano, São Francisco do Sul comemorou 516 anos de história e hoje comemora 173 anos de fundação.
Confira o vídeo feito pela Prefeitura de nossa cidade: